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《深海迷航：冰点之下》这款独立扩展游戏将会设定在一个寒冷的地域，游戏主角也会换人，而且这次玩家不是失事坠落在4546B星球，而是前往4546B调查姐姐的死因。时间线是在一代之后，自从上一代42号酶散播出来，卡拉细菌便在4546B星球上绝迹。上一代主角关闭执法检疫平台后乘坐火箭返回地球后，阿尔特拉公司便了解4546B星球上的情况，派了许多人员来到星球上进行采矿，研究等。主角罗宾的姐姐萨姆被阿尔特拉派遣到4546B星球上进行研究工作。后来，这里的科考人员偶然间发现了一头被冰封住的巨兽，并在巨兽身上发现了卡拉病毒脓疱，阿尔特拉想利用卡拉病毒来制成生物武器，从中获得巨大的利润，并在欧米伽实验室研究卡拉病毒。萨姆发现后，感到十分害怕，因为她知道这种病毒的危害性极大，便想阻止阿尔特拉研究卡拉病毒的工作。于是她与玛格丽特合作，共同消灭卡拉病毒，连续炸毀了欧米伽实验室和“斐”机械实验室，但萨姆在行动中因为一场事故命丧于4546B星球上。阿尔特拉为了自己的声誉掩盖了事实，最后主角罗宾为了调查真相前往4546B星球。