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本游戏为开放世界生存，操作为第一人称单人模式。故事发生于未来，主角因太空船极光号遭受攻击，迫降于一处地表大部分被海洋覆盖的星球4546B，必须以此处的资源生存，并找出离开星球的方法。具有四种游戏模式:
生存模式：一般游玩模式，游戏初期跟一般生存游戏类似，但玩家状态除了饥渴值与生命值，还多了氧气值(可以制作氧气瓶以增加)，且因主角所属的阿尔特拉公司在某次大屠杀后，被限制使用杀伤力武器，当遇到强大的敌对生物时通常需选择逃跑或躲避，玩家每次走出起始逃生舱或自己造出的建筑物都会记录当时的物品状况，若在外头死亡，将会重生于上次进入的建筑物中，并使拿到的物品停留于死亡处。另外所有资源具有不可回复性，但部分动物可以利用蛋进行复育，植物也可种植于花盆或种植箱中。
自由模式：饥渴值与生命值量表会无效化。
极限模式：与生存模式相同，但死亡后玩家无法重生，且氧气值过低时没有提示。
创造模式：此模式下没有剧情，饥渴值、生命值与氧气值量表全部无效，所有工具与建筑蓝图解锁，且无须资源即可建造，建造出来的物体不可破坏且没有能源百分比。
安全区/浅滩
搭载玩家的5号逃生舱所坠落的区域。由于没有大型掠食者、较浅的水深以及丰富的资源，使得这里成为了游戏中最为安全的区域。尽管如此，玩家在探索时仍要留意可以在水中释放有毒物质的毒气鱼，以及在洞穴中伴随着一声响亮的声音冲向你的自爆鱼。
藻森林
这种区域一般距离安全区较近，特征是长满了大量的海藻以及绿色的水域，这里的海藻与海藻种子都是玩家在探索过程中不可或缺的资源。擅长用身形伪装并且喜欢用金属残骸把牙崩掉的潜行者出没于此，可能会给猝不及防的玩家咬上一口。
血藻高原/红藻区
血藻高原占地面积广大，生物多样性丰富，以此地大面积较短的红色海藻命名。这里不仅有身形较小的食人鱼和冲刺犹如抽风的沙鲨，也有温顺的礁背鱼但其背上可能有攻击性的虎皮植物和烤熟或腌制后回复较多饱食度的雷纳鱼。不少极光号残骸和逃生舱也落于此地。
坠毁区
极光号坠毁的区域。由于极光号爆炸后存在的高辐射值以及致命的死神利维坦，使得这里成为了游戏中最为危险的地点之一。尽管这里分布着一些极光号的残骸与物品碎片，这里可能仍然不是一个好去处。
岛屿
游戏区域内的岛屿仅有德加斯号船员居住过的岛屿(俗称绿岛)和一座有着外星建筑检疫执法平台的岛屿(俗称五指山)。绿岛中有一些德加斯号船员生活过的痕迹，五指山则被剧情中前来营救玩家的“阳光号”飞船选为了着陆地点。
(五指山的来历：在早期开发版本中，没有任何先驱者剧情，此岛屿的某个开发阶段其中的山脉竖起几个尖塔，形状就如同五指山，这是国人玩家(一些著名主播)早期游玩时的“戏称”，一直沿用至今。)
沙丘区
荒凉的海底沙丘，分布着少量的矿物及多只死神利维坦。白天也十分浑浊的水域使得来到这里的玩家更加提心吊胆。
库什区
这里分布着大量当地特色植物“库什”，使得二百多米深的海底不那么昏暗。电鳗与骨鲨是玩家在此遭遇的主要威胁。库什区边缘有一个海底通道，可以让玩家进入“失落之河”并进一步推动剧情发展。
寒骨森林/血油区
阴森的寒骨藻和苍白的白蘑菇已经让少数人心里发毛；可能将你从海蛾号中传送出来并造成致命一击的裂空者更是给玩家留下了“深刻”的印象，2号逃生舱所处的血油区附近甚至有可怕的幽灵利维坦出没。但即便是这些威胁也无法阻止玩家获取此地的重要资源——血油、白蘑菇以及铀矿(如果玩家建有核反应堆的话)。两处血油区都有通道通向失落之河。
蛇菇洞
在红藻区的海底有一些竖直向下的洞穴通向蛇菇洞。在你靠近这些发光的巨型蘑菇时，蟹蛇可能会窜出来，给你或你的载具一口并让你吓得不轻。这里还分布着浅海生物大眼仔的近亲鬼眼鱼、较多的磁铁矿，甚至还有一处废弃的德加斯号船员基地。
水雷区
大量的巨型发光植物“水雷”是水雷区的典型景观。水雷区表层有幽灵利维坦及裂空者活动，大约500米深的德加斯号船员的第三个基地附近则有几只蟹鱿把守——它们可以释放电磁脉冲，使玩家的载具或工具短暂失去电力供应。该基地附近有可以通向失落之河的通道。
失落之河
绿色的“河流”分布于这片奇特的区域；此地的大部分河道中有较为丰富的矿产资源，但会对玩家造成比极光号辐射伤害更高的持续伤害，海蛾号进入也会持续失去耐久度。这里有多处远古生物骸骨分布，还有两处外星人建筑和一棵“生命之树”。生命之树附近覆盖白色物质的河流状区域不像失落之河的绿色河流那么危险，还有美丽的幽灵鳐在此遨游。
熔岩区
游戏区域内最深的地区，有明亮的熔岩分布。熔岩区是地图中唯一有蓝晶石分布的区域，并且分别在大约1200米和1500米深处有两处对通关起到决定性作用的外星建筑。这里分布的顶级掠食者海龙利维坦除了啃咬攻击以外，还能喷吐大量火球。
无人区
极光号坠毁的地方位于4546B星球海底环形火山口的边缘，在游戏区域以外，如果你顺着海底峭壁向海底走，却发现一直达不到海底并且峭壁上没有任何矿物分布，你就来到了无人区。这里除了浮游生物和幽灵利维坦外没有任何生物可以存活。其实无人区就是官方划定的游戏区域边缘，只会刷幽灵利维坦，而且你干掉一波又来一波，直到把你的载具啃爆或把你咬死。
(部分资料来源于萌娘百科，有删改)
二十二世纪晚期，人们已经有强大的科技殖民宇宙。一艘由阿尔特拉公司(Alterra)派遣的太空船极光号(Aurora)被派往阿里阿德涅臂建造一个新的相位门，然而途经4546B的行星轨道时，却突然遭受不明能量攻击，极光号因此坠毁于星球表面，而玩家幸运地抢到五号救生舱而生还，开始了求生之旅。
修好无线电之后，玩家会开始接收到各个救生舱发来的紧急求救讯号，但几乎无一幸免，蒙古帝国大使约什卡萨的遗体也被发现。太空船第二长官金（Keen）与首席工程师于(Yu)幸运地生存，并发出无线电通讯说明船长葬身于极光号坠毁后的爆炸，死前下令他要让所有船员于一座小岛上集合。随后于试图搜寻更多幸存者，金无法阻止便和她一同出发，两小时后却因载具受损，而被困在水下500米处无法生还，无奈之下只能将救援资料送往极光号上，要求其他船员主动寻找。
一艘贸易船阳光号(Sunbeam)接收到极光号的消息后，便通知玩家，要求幸存者前来一座矗立着外星人疾病研究设施的岛屿集合，他们将会在那里降落，但玩家到来后看见的却是阳光号被设施上的激光炮击毁之景(故事线二：阳光号因为4546B轨道碎片太多无法降落而离开)。读取设施的数据库后才发现此设施名为免疫执法平台（Quarantine Enforcement Platform），为了避免星球上的病毒散播出去，它会击落一切企图降落的物体，玩家尝试关闭设施，但自己因为感染了一种名为卡拉(Kharaa)的病毒，无法关闭。此时一头神秘生物感知到玩家的存在，便以心灵感应询问玩家:“你是谁?”
同时玩家可在以下场景所搜集的PDA得知各种资讯：
极光号残骸：玩家可以修复极光号的核能动力设备，并从船上的PDA得知约什卡萨秘密委托阿尔特拉公司，派遣极光号来到4546B救援十年前也坠毁于此的太空船德加斯号(Degasi)。
另外还可知道阿尔特拉公司曾企图改造一种名叫卡拉(Kharaa)的残暴虫族用作兵器，结果殖民地实验室发生意外导致大量死伤，殖民地变成了虫族的巢穴，公司因此被星际航行理事会制裁，永久禁止生产与实验军用设备。（阿尔特拉是否因为此原因而被禁止武器未经考证）
德加斯号幸存者的基地：德加斯号的船员在坠毁当下并未全员身亡，船长保罗‧托加（Paul Torgal）、他的儿子巴特（Bart Torgal）、以及佣兵玛格丽特‧梅达（Marguerit Maida），逃往一座浮岛上建立基地。巴特在岛上种植作物，但岛上恶劣的气候让作物生长得太慢，稀缺的资源也使三人的分歧加剧，玛格丽特想要前往深海而非留下来坐以待毙，而保罗因担心儿子的安危坚决反对，但最终还是抵不过儿子的坚持，来到深海一处充满蛇菇的地方建立基地。期间玛格丽特发现了一片神秘紫色芯片，并得知击落他们的是一座外星遗迹，前来救援他们的飞船也有被击落的风险，但他们进入遗迹后发现自己已经被卡拉病毒感染，无法关闭大炮。巴特将据点转移至水雷区区域，利用当地生物做实验以找寻治愈方法，也在此找到了另一种神秘橙色芯片，然而某天玛格丽特杀了一头死神利维坦，导致基地被它的同伴们攻击，保罗葬身海底，玛格丽特在与死神利维坦搏斗中消失无踪，巴特刚好才离开基地不久而逃过一劫，最终回到浮岛基地中，随着病毒在他身体里蔓延，抱着对父亲与同事死亡的哀伤病逝。
之后玩家透过资料找到了位于失落之河的疾病研究中心，并得知建造设施的外星人名为先驱者，很久以前来到4546B研发卡拉病毒的解药，期间他们发现海皇利维坦天生对病毒免疫，他们会分泌一种叫42号酶的物质，可以治愈病毒，但是研究人员捕获的成年体，她的42号酶活性不高，研究人员遂寄望于她的九颗海皇利维坦蛋，结果四颗死亡且没有分泌酶，另外五颗因环境不合而一直没有孵化。为了保护设施，先驱者们制作了一种名为裂空者的人造生物，这个怪物会攻击任何染病的生命体，然而即使计划如此缜密，意外仍旧发生了，一只海龙利维坦为了夺回自己的蛋，撞毁了设施，病毒因此泄漏至生物圈中，造成极大的浩劫。而海皇利维坦虽然不受影响，但因食物链崩溃最终濒临灭绝。
玩家来到岩浆区的地热发电站拿到了蓝色的芯片，跟随之前的神秘生物，也就是海皇利维坦(Sea Emperor)的召唤，前往最深处的海皇监狱，在扫描研究设施的资料并与海皇对话后才得知，其实她的蛋需要一种特殊的孵化酶才能破壳而出。一直以来海皇都想与监禁他的先驱者们对话，交换彼此想要的东西，但他们无法听见，最终放弃了这个设施，而即使先驱者设置了可以让她生存的环境，她的身体仍无法避免日复一日的衰老。长久以来，她只能在监狱里把带有酶的偷窥鱼(peeker)，自通水管道送往地表，借此维持了生物圈的稳定。最终玩家答应了海皇的要求，利用植物制作的孵化酶，使五只海皇幼体成功孵化，海皇在感谢玩家的同时，看着从传送门离开的孩子 ，欣然接受自己的死亡。玩家利用幼体身上的42号酶解除病毒并关闭了免疫执法平台，而先前公司的救援队也用无线电送了火箭蓝图与船长室密码至极光号上，使玩家制造火箭离开了星球。