¶ 深海迷航&冰点之下全局故事线
新手玩家希望能够避免或谨慎查看这篇文章。
¶ 深海迷航“前传”
在某个时候，地球的海豚灭绝了。
¶ 先驱者时期
先驱者在常规网络扩展期间，在外行星上发现了卡拉(Kharaa)细菌。由于一次网络错误，导致先驱者的常规隔离程序失败，导致其核心世界至少有 1430 亿人死亡。先驱者们隔离了他们的核心世界，并将卡拉带到了隔离的疾病研究设施，包括4546B星球，以便研究和开发治疗方法。先驱者建造了检疫执法平台，疾病研究设施，外星人热电厂和庇护所缓存(这些缓存包含了先驱者种族成员的备份意识)，并开始建造裂空者（这是否是第一次建造裂空者尚未知晓）。据信，先驱者也在这个时候发现了巨大的化石，并开始从它的肋骨中采集样本。
一颗陨石撞击了4546B的沙丘生物群系。由此产生的陨石坑挡住了先驱者缓存的入口，撞击推翻了缓存的一根柱子。
先驱者发现海皇利维坦物种能产生”酶42“，一种提供对Kharaa具有免疫力的化合物。他们建造了主要收容设施和传送门缓存。他们捕获了1600年前的海皇利维坦和她的七个蛋，并将它们放入主要收容设施中。据信，先驱者还发现了远古骨架，并在这个时候建造了失落之河实验室缓存。
先驱者将来自其他外星种族（包括人类）的各种遗物放置在主要收容设施中。
在实验了活着的海皇利维坦之后，先驱者发现她过于年迈，无法生产出足以作为永久疗法的”酶42“。相反，先驱者研究未出生的蛋的前提是，更年轻的样本会产生更强的酶。海皇利维坦试图通过心灵感应与先驱者沟通，强行孵化蛋是行不通的，但据她说，“他们听不到”。
先驱者解剖了海皇利维坦的蛋来研究胎儿，但这个过程杀死了胎儿。他们将第二个蛋和4546B上其他更多物种的蛋放在主要收容设施的储蛋实验室进行进一步研究。先驱者将剩余的五个海皇利维坦蛋放入孵化器装置中。
先驱者将海龙利维坦的蛋带到疾病研究机构研究利维坦级蛋孵化条件。母海龙追踪到蛋并撞入设施，摧毁了设施，但不久后海龙被杀死了。该设施的破坏导致4546B上释放了卡拉病毒；先驱者随后启动了行星隔离，激活了检疫执法平台并停止建造更多的裂空者。
卡拉杀死了4546B上的大多数物种，迫使现代物种的祖先迅速进化，以适应生态系统的剧烈变化。海皇利维坦物种也灭绝了，因为它们的食物来源被卡拉消灭了，除了收容设施中最后剩下的海皇和她在收容设施中的蛋。
剩下的先驱者撤离到庇护所，处理他们的尸体并将他们的思想上传到数据中心。据信，任何没有将他们的思想上传到缓存的剩余先驱者都会被裂空者杀死。
尚且存活的海皇利维坦训练携带少量”酶42“的大眼仔使用设施通风口将酶运输到整个4546B。
¶ 水星二号坠毁
在极光号坠毁的几十年前，索尔联邦(请查看一代大结局故事以了解索尔联邦)运输船水星II号被检疫执法平台击中，迫使其相对完好无损地降落在北极尖塔上。
船员们进行了维修并试图采集生物样本，但受到4546B星球凶猛的野生动物的阻碍，尤其是冰虫。
感染卡拉细菌的船员被隔离，并留下救生装备和物资。船长希望能找回他们，但情况并不乐观。
起飞时，检疫执法平台再次击中水星二号，这次直接命中并将其分裂。残骸在德尔塔岛(Delta Island)附近坠毁。据推测，所有幸存者都在几天内死亡。
¶ 德加斯号坠毁
在极光号坠毁前10年，检疫执法平台击落了德加斯号(蒙古船只)，使其在4546B星球坠毁。
德加斯号幸存者在浮岛上建立了基地，然而，由于大雨和玛格丽特的坚持，他们搬到了蛇菇洞，玛格丽特发现了一块平板电脑。
德加斯号的幸存者再次搬迁到水雷区，巴特向他的父亲和玛格丽特解释说，他们感染了数据库中没有记录过的东西。在玛格丽特将受伤的死神利维坦带到基地后，第二只死神利维坦跟随玛格丽特回来，袭击并摧毁了基地。玛格丽特追赶这个生物，打算杀死它，而保罗跟随他看到的光（可能是致幻鱼Mesmer，可能是蟹鱿），巴特设法躲避了这个生物，逃到了大概是安全浅滩或坠机区，可能还有浮岛。
巴特设法生存了一段不确定的时间，能并为自己建造了一个海基地和一艘海蛾号。尽管他最终回到了浮岛，在那里他写下了最后的日志，并且很可能屈服于卡拉而死了。
玛格丽特·梅达逃到了零区，而其他幸存者则被推定死亡。
¶ 深海迷航正传
极光号试图在4546B行星的大气层中执行弹弓演习，船上有157人，开始在阿里阿德涅臂上建造一个新的相位门。秘密地，极光号还肩负着寻找德加斯号船员的任务，尽管船员们并没有期望找到任何东西。
检疫执法平台检测到极光号并向它开火，导致它在4546B上坠毁，机组人员被迫撤离。
29 到 44 人设法在 逃生舱 1-25 中弹出，但只有 10 人设法浮出水面。有可能其他的逃生舱也到达了地表，但是在陨石坑之外，很可能屈服于居住在虚空中的幽灵利维坦。只有一架逃生舱载有一名死去的乘客。每个逃生舱都降落在不同的生物群落中。其中一个是逃生舱5，它容纳了非必要系统维护主管雷利·罗宾逊(Ryley Robinson)。他在下降过程中被一块松动的面板(
逃生舱就只有1块面板，这质量，他nnd)击昏了三个小时。所有其他幸存的船员都在他昏迷的这段期间丧生。
(在此之后的所有内容都可以在玩游戏时以其他顺序完成。)
- 雷利醒来后，发现逃生舱着火了，就捡起掉落在地上的灭火器灭火。
- 极光号的驱动核心爆炸了。
- (可以说是)一周后，阳光号接到求救电话并前来营救雷利。
- 阳光号发送了山岛(五指山)的坐标，他们将在那里降落。
- 阳光号被检疫执法平台摧毁，雷利探索了该平台，发现了外星人芯片、控制室和疾病研究设施的大致位置。
- 在探索了山岛之后，雷利发现了里面的外星人先驱者传送门，并激活了它，将他带到了浮岛，在那里他还发现了德加斯海基地。
- 雷利去了疾病研究中心设施，发现了卡拉的本质，并意识到他被感染了。
- 在卡拉的潜伏期结束后（此时为两周），将收到外星人先驱者热电厂的坐标。
- 雷利到达外星热电厂并获得了蓝色芯片，以及离子电池和离子动力电池蓝图。
- 雷利到达了主要收容设施(海皇监狱)，遇到了现在有2600年历史的海皇利维坦。
- 海皇利维坦与雷利进行心灵感应，并解释说，为了根除卡拉，它的蛋必须孵化出来。
- 雷利使用传送门，从不同生物群落收集各种植物群后成功孵化了蛋，海皇利维坦宝宝释放稳定形式的“酶42”，也称为婴儿利维坦酶。雷利触碰了酶，与酶相互作用，因此被治愈。海皇利维坦宝宝在与母亲玩耍后，通过孵化器后面的传送门离开了海皇监狱。他们的母亲只能留下来，因为它太大了，无法穿过传送门，最终，它死在了这里，尽管雷利直至离开4546B时都从未看到过这一点。
- 雷利穿过海皇监狱传送门，该传送门与靠近检疫执法平台的悬浮平台上的传送门相连，现在他已经治愈，能够进入检疫执法平台禁用武器，以便让他逃脱。
- 雷利回到了现已被摧毁的极光号，获得了海王星逃生火箭蓝图，并最终在那里建造了它。
- 雷利进入火箭并激活它后，从4546B行星发射。在绕4546B轨道飞行时，海皇利维坦最后一次与雷利交流，就在他离开4546B系统返回地球之前。
- 然后他收到通知，为了着陆，他必须支付他通过使用地球资源积累的 1，000，000，000，000 学分费用。
- 在雷利回来后，阿尔特拉(Alterra)公司了解到这个星球的价值。
- 雷利最后怎么样了？请查阅一代主角大结局故事。
¶ 冰点之下正传
Xenoworx和Alterra
阿尔特拉开始资助XenoWorx，提供工具、资源和资金；这包括全新的阿尔特拉PDA。
XenoWorx被标记为“阿尔特拉首创计划”。
萨姆和罗宾·阿尤
萨姆从阿尔特拉那里得到了一份工作，前往4546B执行行星外任务。
罗宾对萨姆的工作百感交集，但还是祝贺她。
萨姆将基地的照片发送给罗宾，并与她保持联系。
罗宾收到阿尔特拉发来的死亡通知，上面写着萨姆在一场悲惨的事故中丧生。
罗宾从加州乘坐客运班车前往4546B，了解萨姆发生了什么事。
零区
罗宾的飞船被一颗流星击中，坠毁在4546B行星的零区。
罗宾逃入水中，找到了下降过程中部署的掉落舱。
罗宾用萨姆发来的照片寻找萨姆。
避难所
一个声音向罗宾发送了一个SOS求救信号。
这个声音称需要一个存储系统，并将罗宾的大脑皮层作为合适的组件，罗宾将其误解为她的PDA。
罗宾试图将声音的意识转移到她的PDA中，但声音转移到她的大脑中。
德尔塔站
罗宾的PDA检测到德尔塔岛上的信标信号。
罗宾收到一个身份不明的女人发来的录音信息。
罗宾遇到了那个女人，那个女人警告罗宾离开她的土地。
玛格丽特·梅达要求罗宾入侵德尔塔岛上的通讯塔。
罗宾将测试覆盖模块插入塔的主机中，导致其发生了故障。
玛格丽特的温室
罗宾入侵通讯塔后，她接到了玛格丽特的电话。罗宾随后得知了玛格丽特温室的位置。
罗宾来到玛格丽特的温室，玛格丽特正在种植普雷斯顿的植物，并与罗宾谈论她对阿尔特拉和萨姆的看法。
欧米茄实验室
欧米茄实验室根据阿尔特拉设施地图的线索。
罗宾探索了欧米茄实验室，发现实验室遭到破坏。
斐机械实验中心
罗宾来到斐机械实验中心，并指出这是萨姆工作的地方。
她找到了间谍企鹅鹏玲实验室、泽塔的办公室、厨房、行政办公室和萨姆·阿尤的卧室。
斐发掘现场
罗宾找到了萨姆的死亡地点，以及她的项链。她找到了冰冻利维坦。
她完成了姐姐的工作并治愈了它。
先驱者基地
罗宾创造了艾安的存储介质及其部件。艾安(Al-An)告诉罗宾去先驱者相位门设施。
先驱者相位门设施
罗宾抵达先驱者相位门设施。
艾安打开了通往未知位置的相位门。他告诉罗宾，让她把自己在4546B上剩下的事情做完，然后离开。
罗宾穿过了相位门，而艾安正在打开一个大型相位门。他给了罗宾一对先驱者手臂，以帮助调整能量桅杆，建造一艘先驱者船，以通过大型相位门飞行。
艾安建造并传送到飞船上，与飞船连接。然后罗宾也瞬移到了船上。
艾安启动飞船，飞过相位门。然后，他和罗宾飞过小行星场，到达第二阶段门，最后抵达先驱者母星。
¶ 非正典事件
- 如果雷利在阳光号(Sunbeam)到达之前就禁用了检疫执法平台，阳光号将幸存下来，但由于极光号坠毁的碎片场而无法接近4546B，迫使雷利无论如何都要建造逃生火箭。
- 一种新的卡拉菌株进化出控制和改变生物结构的能力，导致自然选择和自然选择2的事件。